Сюжет игры дорабатывается по мере разработки.

Время действия — будущее, 2035-й год. США занято Тихоокеанским противостоянием с Китаем, Турция терпит последствия некой катастрофы, а в Греции затихает 10-летняя гражданская война. На американскую миротворческую базу на острове Стратис прибывает капрал Бен Кэрри для помощи миротворцам в свёртывании базы. Во время переправки армейских грузовиков к берегу, их колонну атакуют, и они узнают по связи о начале некоего вторжения на остров. Вместе с сержантом Адамсом, Кэрри пытается вернуться на базу, отражая атаки внезапно ставших теперь врагами, правительственными войсками Греции. Обнаружив, что база уничтожена, они выходят на связь с выжившими солдатами НАТО и идут на их поиски. Однако сержант Адамс подрывается на мине, и Кэрри продолжает путь в одиночестве. Он находит последние НАТОвские силы на острове — около двух десятков солдат под командованием капитана Скотта Миллера, удерживающих базу Максвелл. Выясняется, что остров атаковали силы CSAT — Иранские вооружённые силы. В последующие два дня, отряды Миллера выполняют ряд боевых задач на острове, а затем эвакуируются из Стратиса по воде. Однако катер Кэрри атакуют с воздуха, и капрал теряет сознание.

НАТО инициируют операцию под названием «Магнитуда» и откомандируют отряд специального назначения с капитаном Скоттом Миллером — на остров, расположенный в Средиземном море, глубоко в тылу врага. Цель операции напрямую связана с неким «военным секретом», который может изменить ход войны.

Игра была официально анонсирована 19 мая 2011 года. В апреле 2012 года BIS опубликовала трейлер игры. Сообщалось, что игра выйдет в конце лета, однако в августе выпуск был перенесён на конец 2012 года. Далее BIS заявила, что выпуск игры переносится на 2013 год в связи с отладкой игры и арестом двух разработчиков.

22 февраля стало известно, что ArmA 3 будет работать только через Steam — коробочная версия игры потребует установки этого сервиса, а цифровая будет продаваться только посредством Steam.

Альфа-версия игры вышла 5 марта, бета-версия вышла 25 июня, полный релиз состоялся 12 сентября 2013 года без одиночной компании. Альфа-версия будет стоить 25 евро, имеются также более дорогие версии с дополнительным контентом, покупатели бета-версии заплатят уже 35 евро, и полная версия — 45 евро.

10 сентября 2012 года СМИ Греции сообщили что арестованы два разработчика игры — Иван Бухта (Ivan Buchta) и Мартин Пезлар (Martin Pezlar), по подозрению в шпионаже, максимальная мера наказания за который — 20 лет лишения свободы. BIS призвала власти Греции освободить двух ее сотрудников. Вопрос об аресте чехов поднимали на всех встречах руководители страны, в Праге возле посольства Греции прошло несколько демонстраций. 15 января 2013 года было объявлено, что чехи освобождены под залог в размере 5000 евро с каждого, при этом расследование дела будет продолжаться.

В сентябре 2012 года, правительство Ирана заявило, что ArmA 3 будет запрещена в стране, так как в игре иранские военные представлены как противник.

Действие игры ArmA 3 будет происходить на просторах вымышленного острова Алтис, созданного на основе реального острова Лемнос (Греция), художественно воссозданного по общедоступным данным. Остров будет включать в себя фотореалистичную местность и водную среду. Игровой мир будет крупнейшим, еще не виданный в сериях ArmA, 900 квадратных километров. На острове будут представлены более 50 деревень со зданиями, которые являются одновременно «открытыми» и разрушаемыми.

Кроме того, в игре будет смоделирован остров Стратис

• Однопользовательская кампания — Развивается исходя из действий командира в открытой и сюжетной кампании.

• Транспортные средства и оружие — Управляйте множеством хорошо смоделированных самолетов, автомобилей и судов, стреляйте из всего, начиная с пистолетов и заканчивая сложным стационарным оружием.

• Настраиваемые экипировки солдат — Выбирайте свою форму, собирайте свой комплект оружия, изменяйте свое снаряжение.

• Физическое моделирование и улучшенные анимации — Используя Nvidia PhysX, доступна поддержка моделирования транспортных средств, взаимодействия объектов в игре и обновленная система анимаций.

• Богатая и аутентичная среда — Участвуйте в боях на реалистичном средиземноморском острове, воссозданном/смоделированном, исходя из реальных географических данных.

• Мультиплеер — Современные и конкурентные сценарии, с полной поддержкой выделенных серверов для Windows и Linux.

• Редактор миссий — Проектирование и создание бесчисленных собственных сценариев, используя интуитивный и простой в использовании редактор миссий.